惠能大師得法以後，可以說災難重重，正如孟子所說：「天將降大任於是人也，必先苦其心志，勞其筋骨，餓其體膚，空乏其身，行拂亂其所為，所以動心忍性，增益其所不能。」
首先，六祖大師得法後南下，經過兩個多月，到了大庾嶺。這時大法已經南下的消息早就傳了開來，所以黃梅全體大眾都不服氣，有數百位隨後追逐而來，欲奪取衣缽，其中尤以一位四品將軍出家，俗名惠明的，趕在大眾之前追上了惠能。
惠能便將衣缽放在路旁的石頭上，說：「衣缽是法的表徵，豈可用暴力來爭奪？你們要衣缽，就拿去吧！」於是就隱避到草叢裡。
果然，當惠明要來拿取衣缽的時候，怎麼樣都拿不動，因而覺悟到衣缽代表的是佛法，必須要有大善根、大福報、大智慧的人，才能得到。因此有所覺悟地對惠能大師說：「我為法來，非為衣缽而來。」
惠能大師便從草叢裡走出來，趺坐在石頭上為惠明說法。惠明於言下契悟，禮拜六祖惠能為師。
第二次，當惠能大來到廣東寶林寺（一般人稱為曹溪南華寺，當時叫寶林寺）時，卻又被惡人尋著，只得離開寶林寺，隱藏在獵人隊中，韜光養晦，以待機緣。
在獵人隊中，時光一晃，十五年就過去了，惠能大師這個時候應該已經四十歲左右了。經過這一番磨鍊，自覺時機因緣已經成熟，便離開了獵人隊，來到廣州的法性寺。
當時印宗法師正在那裡講說《涅槃經》，寺前懸掛著的幢幡隨風不停地飄動著。有兩位出家人對著飄動的幡子，面紅耳赤的爭論不休。
甲僧說：「如果沒有風，幡子怎麼會動呢？所以說是風在動，不是幡子動。」
乙僧說：「沒有幡子動，又怎麼知道風在動呢？所以應該是幡子在動。」
原來兩人爭論的是幢幡所以會動的原因，而且各執一詞，互不相讓。
於是惠能大師走上前對他們說：「不是風動，也不是幡動，而是兩位仁者的心在動啊！」
大家一聽，「哦！這個人說話倒很有見地，一定有相當的來歷。」便將他請到寺中。經與印宗法師一番相談後，印宗法師說：「久已聽說黃梅五祖的大法南來，莫非就是仁者？」
六祖說明身分，並應印宗法師之請，出示衣缽給大眾看，其後，更為印宗法師闡示「甚麼是佛法不二之法」。印宗法師聽了之後，心生歡喜，於是為當時還是在家居士的惠能剃度，並且為他傳授戒法。從這個時候起，六祖惠能正式成為一位佛教的高僧，一位大師。印宗法師很自謙，說明願意拜在惠能大師座下，請惠能大師收他做弟子。惠能大師從此便開始了東山頓宗法門的開演與弘化。
六祖大師不僅生前魔難重重，甚至涅槃圓寂了以後，他的肉身舍利也曾多次受到傷害。他圓寂入塔後，多少弟子日夜保護，其中有一位弟子令韜更是誓守大師的肉身。至開元十年（七二二）八月三日夜半，新羅（今韓國）有一個出家人，名金大悲，以二千兩銀子買通了汝州人氏張淨滿，想要盜取六祖的首級，帶回朝鮮供養。
案子發生以後，張淨滿在石角村被逮捕，押送到韶州審問，刺史柳無忝卻不知道如何判罪，因為殺人罪是指殺死活人，何況他們盜取六祖的首級，也是出於恭敬的心，想要帶回朝鮮供養。不過雖然是出於好意，總是違法。後來，六祖大師的弟子令韜與金大悲私下和解，此事才算作罷了事。此後，又曾有四次被人偷竊，但都是不久即被尋獲。
綜觀六祖惠能大師的一生，真是受盡種種苦難，但他仍能不為八風所動，顯道救世。因此，我們學佛修行者為了真理，為了正義，應該不畏魔難，不計毀譽。因為，凡是身負大任的人，是非毀譽總是難免，縱然偉大如六祖大師者，也在所難免。
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